Peter Pauls fästning har varit S:t Petersburgs kärna i trehundra år. Fästningen, som är den sista länken i kedjan av fästen vid Finska viken och Nevafloden, har aldrig deltagit i några krigsoperationer. Dess strategiska betydelse minskade avsevärt innan byggnadsarbetena ens slutförts. Peter Pauls fästning anses åtminstone till en del vara planerad av Peter den Store.

1703 På ön Jänissaari grundas den första fästningen som benämndes efter Peter. Den har jordvallar och är byggd av trä.

1706 Peter den Store murar på sin födelsedag egenhändigt den fösta grundstenen till den nya stenfästningen. Fästningen har formen av en oregelbunden sexhörning och har sex bastioner samt en kronborg. Innanför murarna byggs kasematter som skall användas som kasärner och vapendepåer.

1705 - 1732 Fästningsbygget leds av befästningsingenjören Domenico Trezzini.

1712 Byggnadsarbetena på den av Domenico Trezzini ritade domkyrkan inleds. De skulle komma att räcka i mer än 20 år.

1718 Tronarvingen Alexej Petrovitj anklagas för landsförräderi och hålls fängslad i Peter Pauls fästning. Härefter blir fästningen det ställe där politiska fångar huvudsakligen placeras.

1725 Peter den Store avlider i januari och hans kista placeras i ett tillfälligt träkapell i den halvfärdiga domkyrkan i Peter Pauls fästning. Kistan gravsätts år 1731 och katedralen blir härskarsläkten Romanovs gravkyrka för en tid av 200 år. Rysslands kejsare och kejsarinnor har begravts här, från Peter den Store till Nikolaj II, med undantag av Peter II och Ivan IV.

1731 - 1740 Ioannovskijs och Aleksejevskijs raveliner uppförs.

Mitten av 1700-talet På Aleksejevskij-ravelinens område byggs ett fängelse av trä. År 1797 ersätts det av Hemliga huset med 20 isoleringsceller för de allra farligaste politiska fångarna (dekabrister, medlemmar i olika revolutionära organisationer på 1800-talet).

1887 Fängelset nedläggs, cellerna rivs och i deras ställe uppförs ett arkiv för krigsministeriet. En ersättande institution för fängelset, Trubetskoj-bastionens fängelse, hade byggts redan på 1870-talet och den blev det tsaristiska Rysslands viktigaste rannsakningsfängelse för politiska fångar. Under 45 år inspärrades här nästan 1 500 fångar.

1917 Revolutionära soldater befriar fångarna i februari. Under interimsregeringen förvaras också en del av tsarens ministrar och tjänstemän i Peter Paul fästningen. Från fästningen som övertagits av bolsjevikerna avfyras skott mot Vinterpalatset den 25 oktober. Interimsregeringens ministrar är de sista fångarna i fästningen.

1924 En stor del av fästningen öppnas för allmänheten. Peter Paul fästningens domkyrka och Trubetskoj-bastionens fängelse har varit i museibruk.

1941-44 Delar av fästningen skadas vid eldgivningar.

1954 Restaureringsarbetena efter kriget avslutas. En del av fästningens byggnader överlåts till statens historiska museum i Leningrad (S:t Petersburg). På fästningsområdet finns också byggnader och konstruktioner som ägs av andra instanser än museet.

Fästningen har åtnjutit skydd sedan år 1993. Restaureringen fortsätter, men på grund av finansieringssvårigheter inte i den utsträckning som planerats.

Det kända kanonskottet vid middagstid kan man höra varje dag. Historiska museet upprätthåller flera permanenta utställningar som behandlar såväl hela S:t Petersburgs historia som fästningens olika skeden. Guidade visningar erbjuds på ryska och på andra språk. Om somrarna arrangeras också konserter samt båtutfärder och till och med helikopterfärder. Traditionella är också jul- och påskfestivalerna. Fästningens myntverkstad är alltjämt i funktion.