Pähkinälinna (Shlisselburg, Schlüsselburg, Noteburg, Oreshek) sijaitsee Pähkinäsaaressa. Laatokan järvessä Nevan alkulähteillä sijaitseva saari mainitaan ensimmäisen kerran Novgorodin kronikoissa vuonna 1228. Maat kuuluivat Suur-Novgorodille.

1323 Maidensa puolustamiseksi ja kauppareittiensä turvaamiseksi novgorodilaiset rakentavat saarelle ensimmäisen puulinnoituksen ja nimeävät sen Pähkinälinnaksi. Linnoitus palaa 1348 taisteluissa Ruotsia vastaan

1352 Aloitetaan kivisten puolustusvarustusten rakentaminen. Pähkinälinna on tyypillinen novgorodilainen linnoitus.

1471-1478 Novgorodin maat siirtyvät Moskovan hallintaan. Ampuma-aseiden kehityksen myötä kaikissa novgorodilaisissa linnoituksissa aloitetaan uudistustyöt. 1400-luvun lopussa vanha linnoitus puretaan.

1500-luvulla Pähkinäsaaressa kohoaa jo koko saaren kattava kivilinnoitus, jossa on seitsemän nelikerroksista ulkotornia. Linnoituksen sisällä on myös lisävahvistuksena kolmikerroksinen sitadelli. Muurien pituus on yhteensä 740 metriä, korkeus 12-15 metriä ja paksuus jopa 4,5 metriä.

1612 Liivin sodan aikana ruotsalaiset valloittavat linnoituksen pitkän piirityksen jälkeen. Stolbovan rauhassa 1617 Venäjän maat Suomenlahdella ja Nevan rannoilla siirtyvät Ruotsille. Suuressa Pohjan sodassa (1700-1721) Venäjä palauttaa nämä alueet jälleen itselleen

1702 venäläiset valtaavat Pähkinälinnan. Valloitus on tärkeä aukaistessaan tien Nevalle ja Itämerelle. Pietari Suuren suunnittelema uuden pääkaupungin rakentaminen käynnistyy, ja myös Schlüsselburgiksi (Avainkaupungiksi) uudelleennimettyä Pähkinälinnaa vahvistetaan tarmokkaasti. Vuonna 1702 sitä parannetaan maavalleilla ja vuosina 1740-1760 vallit vaihdetaan kivirakenteisiin. 1700-luvun puoliväliin mennessä linnoituksen muurien sisäpuolelle on rakennettu mm. Pietari Suuren (Hallitsijan talo) ja A.Menshikovin palatsit, sotilaskasarmi ja Rahapaja (arkkitehdit I. G. Ustinov ja D.Trezzini),

1700-luvun lopulle tultaessa linnoitus on menettänyt sotilaallisen merkityksensä. Tähän vaiheeseen ajoittuvat Johannes Kastajan kirkko (arkkitehti A. Vist) ja Johanneksen katedraali (arkkitehti A. Schtaubert). Vuonna 1812 kaikki tykit lähetetään Pietariin ja varuskunta lakkautetaan.

1700-luvun lopusta aina vuoteen 1917 Pähkinälinna on käytössä poliittisena vankilana. Uudet rakennuksetkin suunnitellaan vankilakäyttöön. Kuuluja vankeja ovat mm. Pietari Suuren epäsuosioon joutunut vaimo Eudokia Lopuhina, nuori keisari Ivan Antonovich sekä muutamat dekabristikapinalliset.

1941-43 linnoituksen varuskunta puolustaa Nevan yläjuoksua ja yrittää näin estää Leningradin saartorengasta sulkeutumasta.

Vuonna 1965 pahoin sodassa vaurioitunut linnoitus luovutettiin Leningradin historialliselle museolle yhdeksi sen haaraosastoksi. Museo aloitti välittömästi tämän muistomerkin perusteelliset tutkimukset, mm. arkeologiset kaivaukset. Tutkimuksiin nojautuen linnoitusta on myös restauroitu ja sen varustuksia rekonstruoitu. Toistaiseksi on kuntoon saatu Hallitsijan, Golovinin ja Kuningattaren tornit, tornien välinen muuri, entisen Salaisen talon rakennukset (1700-luvun Vanha tyrmä) ja 1800-luvun Uusi tyrmä. Katedraali ja 1300-luvulta peräisin olevat Novgorodin aikaisen linnoituksen muurit on konservoitu. Restaurointityöt ovat viime aikoina hidastuneet rahoituksen vähäisyyden vuoksi.

Nähtävyyksiin kuuluvat varsinaisen linnoituksen lisäksi useat pysyvät näyttelyt. Linnoitus on auki sesonkiaikana päivittäin 10.00-17.00, ja tutustuminen tapahtuu omalla vastuulla.